Meqë në Shkup ende ekzistojnë objekte të personave fizik dhe juridik,  që nuk janë të përfshirë në sistemin e rrjetit të kanalizimit, NP “Higjiena Komunale” kryen shërbime për pastrimin e ujërave  të zeza dhe fekaleve nga nyjat septike,  në thirrje të shfrytëzuesve.

Shërbimi paguhet në përputhje me çmimin e miratuar për një  metër kub.

E shpeshtë është prania e automjetit të caktuar për pastrimin e nyjave septike, të kryejë shërbime në situata të përmbytjeve të banesave individuale dhe objekteve tjera nga reshjet e fuqishme të shiut, për shkak se rrjetet atmosferike të kanalizimit nuk mund t’i nxënë të gjithë ujërat nga sipërfaqet publike të komunikacionit.

Banesat individuale dhe objektet tjera mund të përmbyten nga dalja e ujërave prej shtratit të lumit në territorin e qytetit të Shkupit dhe rrethinë.

Është evidentuar se këto paraqitje janë më të shpeshta  në pjesët rurale të komunave të qyteti të Shkupit.